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1、 不同微生物体内的酶系统不同，新陈代谢的类型不同，所以对各种物质利用后所产生的代谢产物也不同，因此可以利用微生物的生理生化反应来测定微生物的代谢产物，来鉴定在形态上难以区别的微生物。

2、生理化鉴定主要从菌株对碳源利用、硝酸还原、淀粉水解、纤维素利用、明胶是否液化、硫化氢产生、牛奶是否凝固和胨化等指标来进行分析。

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